
초등학교 5학년 아라타 신은 스스로를 세상의 수수께끼에 도전하는 남자라 부를 정도로 오컬트를 좋아한다. 어느 날 신은 외계인 목격 정보를 듣고 요코카와역 주변을 조사하러 온다. 그러던 중 발견한 우스이고개 철도문화마을에 수수께끼의 고속열차가 옮겨졌다는 소문을 듣고, 몇 년 전 화제가 되었던 고속열차 같은 로봇 ‘철도봇’과
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의문의 거대 괴물체로부터 일본의 평화와 안전을 지키기 위해 신칸센 초진화 연구소에 의해 개발된 신칸센변형로보 신카리온. 초진화 연구소는 새로운 적의 내습에 대비해 비밀리에 신형 로봇 신카리온Z의 개발을 진행하고 있었다. 높은 적합률로 신카리온Z의 기관사가 된 아이들은 초진화 연구소 직원들과 힘을 합쳐 다시 나타난 거대 괴물체에 맞선다! 미지의 적의 출현. 그리고 두 소년의 만남. 신카리온의 한층 더 진화가 시작된다!!!

초등학교 5학년 아라타 신은 스스로를 세상의 수수께끼에 도전하는 남자라 부를 정도로 오컬트를 좋아한다. 어느 날 신은 외계인 목격 정보를 듣고 요코카와역 주변을 조사하러 온다. 그러던 중 발견한 우스이고개 철도문화마을에 수수께끼의 고속열차가 옮겨졌다는 소문을 듣고, 몇 년 전 화제가 되었던 고속열차 같은 로봇 ‘철도봇’과
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정식으로 신카리온Z E5 팔콘의 운전사가 된 신은 신카리온 조종 시뮬레이션을 위해 다시 우스이고개 철도문화마을에 간다. 거기서 기다리고 있었던 건 신과 동갑이면서도 신카리온을 개조한 천재 정비사 우스이 아부토였다. 그러나 아부토는 왠지 모르게 신카리온을 운전할 수 없다고 한다. 신이 별생각 없이 그 이유를 묻자, 아부토는
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신 일행은 E6 래피드를 타고 아부토가 꿈에서 본 모리오카역으로 Z코드를 찾으러 간다. Z코드는 전국에 숨겨져 있으며, 그걸 발견하면 새로운 재래선이 폐색 해제된다고 한다. 왜 Z코드의 힌트가 아부토의 꿈에 나오는 것일까? 왜 Z코드는 전국에 숨겨진 것일까? 신과 아부토, 스맛토는 이상하게 여기면서도 새로운 재래선과 새로
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신카리온Z E6 래피드의 운전사 오마가리 하나비는 로큰롤을 매우 사랑하는 정열적인 소년이다. 하나비의 집은 아키타현 오마가리의 명물인 불꽃을 만드는 불꽃 공장이다. 하나비는 불꽃 장인이 되겠다는 꿈을 좇으면서, 자신이 좋아하는 음악과 신카리온 운전사 일에도 진심으로 임한다. 하지만 하나비의 아버지는 여러 가지 일을 모두
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신 일행은 나가노에 있는 키소산을 찾아온다. 아부토에 따르면 인적 없는 이 산속에 세 번째 신카리온 운전사 후보 토가쿠시 타이쥬가 있다고 한다. 그러나 타이쥬는 운전사가 되기를 꺼리며 이미 권유를 한 번 거절했다고 한다. 원래 도쿄에 살다가 사정이 있어 키소산으로 이사 온 타이쥬. 신 일행이 등산 끝에 찾은 타이쥬는 할아
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신 일행은 새 Z코드를 찾기 위해 나가노역에 온다. 아부토는 아쉽지만 타이쥬를 운전사가 되게 하기는 어렵겠다고 포기하고 있었다. 하지만 신은 한 번 더 타이쥬와 얘기해 보고 싶어 아부토에게 부탁해 다시 만나러 간다. 타이쥬는 할아버지의 조언을 듣고, 자신의 산에 대한 열정을 이해시키기 위해 신을 산림 철도기념관으로 데려가
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신카리온의 정비사 호소카와 아츠타가 요괴를 잡았다면서 뛰어 들어온다. 아츠타는 사람으로 둔갑하는 너구리 요괴를 잡았다고 주장하지만, 다른 이들에게는 평범한 너구리로 보일 뿐이며 요괴라는 증거도 없다. 그 와중에 신은 혼자 너구리 요괴와 친구가 되겠다며 눈을 반짝인다. 한편 신카리온이 몇 번이나 거대 괴물을 물리치자, 와타
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신과 E5 팔콘이 오미야 지부로 옮겨가는 날이 다가왔다. 하지만 아부토는 같이 가지 않고 요코카와 지부에 남는다고 한다. 신과 스맛토가 받아들이지 못하고 이유를 묻자, 아부토는 자기 가족 얘기를 꺼낸다. 한편 오미야 지부에는 E5, E6, E7이 집결한다. 하나비와 타이쥬, 요코카와 지부 직원들, 그리고 예전에 싸움을 경
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신카리온Z 800 스왈로우는 하늘을 날며 갑자기 큐슈에 나타난 거대 괴물을 물리친다. 운전사는 나카스 야마카사로, 신 일행보다 한 살 위인 초등학교 6학년이며 지능과 체력이 매우 우수하다고 한다. 그 후 Z코드를 찾기 위해 신 일행은 아마카사와 함께 다자이후 주변을 찾아다닌다. 그런데 신이 평소처럼 요괴 이야기를 늘어놓자
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정반대의 성격을 가진 신과 야마카사는 좀처럼 친해질 기미를 보이지 않는다. 야마카사는 신의 비과학적인 얘기에 흥미를 보이지 않고, 신도 야마카사를 점점 멀리하게 된다. 어떻게 하면 아마카사가 자기 얘기를 들어줄지 고민하는 신에게 하나비, 타이쥬, 아부토와 스맛토가 한 가지 제안을 한다. 그것은 바로 신이 먹지 못하는 오큐
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신 일행은 아부토의 꿈에 나온 나고야를 찾아온다. 그 시각, 초진화연구소 나고야 지부에서는 안죠 시마카제, 안죠 나가라 형제가 신카리온Z N700S 위시의 운전사를 정하는 최종 시험에 임하고 있었다. 시험 결과는 둘 다 합격이었다. 그러나 형 시미카제는 동생 나가라에게 운전사를 양보하고 자신은 물러난다. 나가라는 시미카제
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화려한 첫 출전을 마친 N700S 위시. 시미카제에게 도움을 받은 나가라는 운전사 자리를 걸고 다시 한번 시미카제에게 가라테 대결을 신청한다. 그렇게 유지가 심판을 맡은 가운데 형제의 정면 대결이 시작된다. 한편 아부토의 꿈에는 또다시 Z코드가 숨겨진 장소의 힌트가 나온다. 하지만 그 힌트는 ‘도쿄에도 있고, 나고야에도
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아부토가 아버지의 설계도대로 만든 신카리온Z N700S 위시와 재래선 HC85 플리츠의 Z합체 테스트가 실패한다. 이대로는 아버지를 따라잡을 수 없다며 초조해하는 아부토는 정비장과 함께 아버지의 옛 직장을 방문한다. 그곳은 철도 기술 혁신을 선도하는 철도종합기술연구소였다. 그때 세키가하라에 거대 괴물이 나타난다. 신카리온
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철도박물관에 수수께끼의 거인이 나타난다는 소식을 들은 신은 하나비, 타이쥬, 아유와 함께 잠입 조사를 한다. 그리고 그들은 정말로 거인의 그림자를 발견한다. 그 거인과 친구가 되기 위해 신은 다른 애들과 함께 철도박물관에서 대 수색을 벌이고 그러던 중 오미야 지부에 어둠의 고속열차가 나타난다. 어둠의 고속열차는 놀랍게도
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신은 테오티가 노리는 수수께끼의 결정체 블랙 스톤이 있는 장소의 단서를 알아낸다. 지금까지 거대 괴물이 나타난 장소가 옛날부터 있었던 큰 도로라는 사실을 깨달은 것이다. 그걸 안 겐부는 신 일행에게 도쿄의 여러 큰 도로를 안내한다. 겐부는 옛날에 있었던 만세이바시역을 통해 신에게 전하고 싶은 게 있는 듯한데…
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예전 싸움에서 신카리온에게 쓰라린 패배를 경험한 후, 키트럴저스의 소오교쿠는 새 협력자를 찾고 있었다. 그러던 중 그는 어떤 계기로 고향 사쿠라지마로 돌아가게 되며, 모리오카역에서 카고시마추오역으로 재래선 여행을 시작한다. 한편 기운을 잃은 신은 하나비와 타이쥬에게 이끌려 온천 여행을 간다. 그들은 차체에 헬로 키티가 그
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신이 신카리온Z E5 팔콘을 타고 싸운다는 걸 누나와 엄마가 알게 된다. 신은 자신이 하는 일을 이해할 수 있도록 두 사람을 요코카와 철도문화마을의 차량 페인트칠 행사로 데려간다. 철도문화마을에는 하나비와 타이쥬의 가족, 그리고 오미야 지부의 직원들도 와 있었다. 한편 시마 고이치는 호소카와 아츠타에게 특별한 임무를 맡긴
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화려하게 데뷔한 신카리온Z 500 에코의 운전사 아라시야마 긴가를 만나기 위해, 신 일행은 초진화연구소 교토 지부로 간다. 긴가는 연예 기획사에서 연습생으로 활동 중인 아이돌 지망생으로, 반짝거리는 분위기를 가진 이색적인 아이였다. 왠지 모르게 적합률이 떨어지자 신은 기운이 없어진다. 그런 신을 보고, 긴가는 신카리온 팀
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호소카와 아츠타가 개발을 맡은 재래선 323 서클이 완성 직전에 이른다. 신 일행은 교토에서 Z코드를 찾지만, 아부토의 꿈이라는 단서가 없어졌기에 장소를 전혀 짐작하지 못한다. 긴가는 녹초가 된 신 일행을 자신의 공연에 초대한다. 한편 드디어 아버지와 재회한 하나비는 아버지가 다크 신카리온의 개발자라는 사실을 알게 된다.
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운전사들은 오미야 지부에 모여 친목회를 가진다. 그런데 왠지 모르게 스맛토의 상태가 이상하다. 그동안 친했던 아부토가 적이 되었다는 충격으로, 스맛토는 자신도 모르게 아부토에 관한 데이터를 봉인하려고 한다. 스맛토를 원래대로 되돌리기 위해 신은 요코카와에 있는 아부토의 집에 간다. 한편 계속되는 패배에 전사의 자긍심에 상
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한가한 주말, 신과 친구들은 하마마츠 철도 여행에 나선다. 그런데 터널을 지나서 도착한 곳은 하마마츠에 없는 키사라기라는 역이었다. 거기에는 어떤 안경을 쓴 아저씨가 신지라는 애를 찾고 있었는데...
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철도의 날 행사중에 아부토의 엄마가 철도박물관을 찾아오신다. 그리고 뒤늦게 아부토에게 어떤 일이 있었는지 알게 되시지만 뜻밖에도 차분하신 모습. 그리고 아부토의 엄마는 신에게 아부토를 부탁한다면서 깜짝 놀랄 이야기를 해주시는데...
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지하의 블랙스톤 반응을 찾아 출동한 E5와 닥터 옐로는 흩어져 단독행동을 하게 된다. 닥터 옐로는 오래 전에 부서진 블랙스톤이 있던 지하공간을, E5는 다크 신카리온과 마주치게 된다. 신은 몇 번이고 온 힘껏 아부토에게 말을 걸었지만, 목소리를 빼앗긴 아부토는 대답할 수 없었는데...
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또 다시 아부토를 놓치고 의기소침해진 신은 더 강해지고 싶다는 의지를 불태운다. 그때, 몇 년만에 돌아온 세이류도 합세하여 피나는 훈련이 시작된다. 한편 처음으로 유고스피어를 찾은 아부토는 테오티의 실상을 마주하고 갈등하게 되는데...
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요즘 영 활약이 없었던 하나비가 시코쿠로 출동하게 된다. 그리고 그 근처에서는 하나비의 아빠가 불꽃놀이 준비를 하지만, 코드네임 응애 영감의 저주파에 맞선 하나비의 록이 지금 시코쿠에 울려퍼지려 하는데...
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블랙스톤을 찾아서 토오노로 출발하게 된 타이쥬와 미사키. 그런데 여정중에 깜빡 잠이 든 타이쥬는 꿈속에서 정체불명의 소녀와 함께 은하철도에 탄다. 꿈이었나 하고 대수롭지 않게 넘어갔던 타이쥬는 토오노에서 또다시 그 소녀를 보게 되는데...
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E5와 닥터 옐로의 초Z합체가 가능해지면서 신과 시마카제는 적합률과 호흡을 맞추기 위한 훈련에 들어간다. 하지만 도통 손발이 맞지 않아서 고전하고 의기소침하게 되는데... 그때 세키가하라에서 또다시 블랙스톤이 파괴되고 테오티 바루토무가 나타난다.
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북쪽 땅, 홋카이도에서 매일같이 정기통신을 발신하는 소오교쿠. 아무도 듣지 않고 있는 것 같았지만, 어떤 한 소녀가 매일 그 통신을 듣고 있었다. 그리고 그 소녀는 그 통신을 통해 신카리온의 존재를 알고 운전사가 되었는데, 그 소녀의 이름은...
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바루토무가 테오티의 왕을 해치고 그 힘을 빼앗아 지구로 내려온다. 아부토도 발톰이 납치한 세츠라를 구하기 위해서 급히 다크 신카리온에 몸을 싣는데... 지하에서 바루토무와 치열한 싸움을 벌이는 사이에 그만 세츠라가 사라지고 만다.
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초진화연구소에서 세츠라를 맡고 있는 걸 오해한 아부토는 다크 신카리온의 영향으로 분노에 사로잡힌다. 이에 초진화연구소는 다크 신카리온을 도쿄역으로 유도하여 모든 신카리온을 동원해 요격에 임하는데... 다시금 아부토와 마주한 신은 목청껏 아부토에게 말을 걸지만 이번에도 역시 그 목소리는 닿지 않았다.
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크리스마스를 맞이하여 오랜만에 아빠가 집에 오신다는 소식을 들은 신은 들떠있었다. 그런데 우연히 신의 뒤를 몰래 밟던 아스트레아가 신의 누나 아유와 마주쳐 버리는데... 아스트레아는 자기 정체를 모르는 아유를 이용해서 신카리온에 대한 정보를 캐내고 초진화연구소에 잠입하려 한다.
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홋카이도 지부에 새 신카리온 운전사가 합류한다. 그 운전사, 메텔이라는 소녀는 우연히 무선통신을 통해서 초진화연구소와 신카리온에 대해 알게 되었다고 한다. 그런데 그 무선통신을 매일같이 발신하던 자의 정체는 무려...
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신 이전에 E5를 조종했던 전설의 운전사, 하야토가 귀국한다. 전설을 마주한 신은 처음에는 서먹했지만 철도를 좋아하는 하야토와 금세 친해지게 되는데... 초진화연구소의 보호 하에서 잠시 외출한 키린이 갑자기 폭주하는 비상사태가 발생한다!
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테오티의 본거지 유고스피어의 위치가 판명되고, 신과 친구들은 아부토를 되찾기 위해 거기로 향하기로 한다. 단 신카리온이 우주로 나가기 위해서는 제2 초진화속도에 도달할 필요가 있었는데... 이전에 회수하여 수리한 발도르로 E5를 견인하는 형태로 신과 친구들은 우주로 나가는 길을 열게 된다.
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겨우 아부토와 재회했지만 다크 신카리온의 맹공 앞에서 신과 E5는 무력하게 쓰러진다. 하지만 아부토의 아빠, 자간이 숨겨준 덕분에 신과 친구들은 다시금 아부토와 만날 기회를 얻게 되는데... 한편 거기에서 만난 테오티 사람들은 처음에는 지구인을 경계했지만 점차 마음을 열게 된다.
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아부토와 다시금 대치하게 된 신은 비뚤어진 아부토의 마음에 다시금 필사적으로 자기 외침을 전하려 한다. 그리고 우주공간까지 뛰쳐나가 필사의 결전을 벌인 둘의 힘은 섬광이 되어 격돌하는데... 섬광이 걷히고 나서 거기에 남아있는 것은 이전처럼 돌아간 두 친구의 모습이었다.
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오랜만에 돌아온 아부토는 밀린 숙제다 뭐다 분주한 나날을 보낸다. 분주한 일상 한편으로는 실종된 아빠를 찾기 위해서 다시금 우주로 나갈 준비를 시작하려 하고 있었는데... 갑자기 이전에 쓰러뜨렸던 와다츠미가 다시 부활하여 초진화연구소에 비상이 걸리고 만다.
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Z기어와 스마트 안에 아부토의 아빠가 몰래 만들어놓은 출석앱, 레일게터의 존재가 드러난다. 신과 친구들이 대부분 출석을 끝내 놓은 상태에서 아부토는 그 마지막 피스를 메우기로 하기로 결심하는데... 그렇게 철도여행을 떠난 아부토와 아부토를 따라나선 신은 진귀한 철도노선을 누비며 즐거움을 만끽한다.
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갑자기 모든 블랙스톤이 파괴되면서 각지에서 부활하기 시작한 아라바키의 분신들. 신과 친구들은 이를 막기 위해서 전국으로 흩어지지만, 아라바키의 분신은 다시 한데 모이기 시작한다. 그리고 그 분신들이 모이는 곳에는 왕의 힘을 되찾았지만 폭주해버린 칸나기가 버티고 있었다.
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끝내 칸나기는 낙담하지만, 누나 아스트레아와 부하들의 간곡한 설득으로 마음을 돌리게 된다. 한편 후지산 정상에 자리한 아라바키는 땅속으로 촉수를 뻗어 에너지를 흡수하기 시작하는데... 초진화연구소에서는 아라바키의 약점을 열심히 분석하지만 결과는 영 신통치 않은 실정이었다.
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신과 친구들은 파괴신 아라바키의 촉수를 파괴하고 본체를 우주로 날려보낸 후 격파한다는 작전에 돌입한다. 하지만 작전은 생각한 것처럼 진해오디지 않았고, 금세 난항에 빠지고 마는데... 그러던 때, 키트럴저스의 지원과 함께 테오티의 전사들이 합세하면서 지구를 지키기 위한 세 종족의 협력이 빛을 발한다!
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