블루 아카이브 The Animation 시즌 1

재정 문제로 폐쇄 직전에 있는 아비도스 고등학교. 그리고 학교를 살리기 위해 고군분투하는 대책위원회가 있다. 대책위원회의 위원장인 호시노를 비롯한 아이들은 오늘도 학교를 살리기 위한 회의를 시작한다. 그리고 그들 앞에 갑자기 선생님이 나타나는데....

키보도스의 총학생장이 남긴 태블릿, 싯딤의 상자를 들고 아비도스에 오게 된 선생님. 선생님은 아비도스의 상태를 확인한 후, 자신도 아이들을 돕기로 결심한다. 그러던 중 카타카타 헬멧단이 쳐들어 오고 선생님과 학생들은 힘을 합쳐 싸우는데....

어떤 일이든 돈만 주면 다 한다는 흥신소 68. 하지만 일이 실패로 돌아가자 빈털터리 신세로 전락하고 라면 한 그릇을 나눠먹기 위해 시바세카 라면 집을 방문한다. 그리고 그곳에서 우연히 만난 아비도스 대책위원회들. 흥신소 68의 사장인 아루는 그들이 다음 타깃인 아비도스 학생이라는 것을 모른 채 즐거운 시간을 보내는데..

카타카타 헬멧단과 전투 중 얻은 부품이 블랙마켓에서 유통된다는 것을 알게 된 대책위원회. 선생님과 대책위원회 아이들은 블랙마켓으로 향하고 그곳에서 곤란에 빠진 트리니티의 히후미를 도와준다. 그 후 우연히 자신들의 빚을 수금하는 카이저 론 현금 수송차가 블랙마켓의 악명높은 사채은행으로 들어가는 것을 보게 되는데....

아비도스 대책위원회는 카이저 론에서 뺏어온 서류를 검토하다 자신들이 갚은 돈이 카타카타 헬멧단으로 흘러 들어가는 것을 알게 되어 충격을 받는다. 한편 흥신소 68의 아루는 돈 문제로 고민에 빠지고, 그 외 멤버들은 아비도스를 습격할 계획을 짠다. 아루의 배에서 나는 소리에 다 함께 시바세키 라멘 가게를 가게 되고, 뜻하지

아비도스 대책위원회의 아이들과 흥신소 68의 대치 중 갑자기 날아온 폭격. 그리고 게헨나 선도부의 등장. 게헨나 선도부는 흥신소 68을 잡기 위한 거라며 협조를 요구하지만 대책위원회의 아이들은 이를 거부한다. 그리고 그들의 속셈이 흥신소 68이 아니라 샬레 소속인 선생님인 것을 알게 되어 전투가 시작되는데.... 흥신소

흥신소 68은 본거지가 들통나 이사를 가야 하는 처지에 놓인다. 한편 시바세키 라멘 가게 앞에 놓은 돈가방을 본 시로코는 흥신소 68이 둔 것임을 눈치채고 그들과 화해한다. 마스터를 병문안 하러 간 대책위원회 아이들은 그곳에서 뜻밖의 사실을 알고 혼란에 빠지는데....

아쿠아리움으로 놀러 간 대책위원회 아이들. 그곳에서 물고기와 돌고래 등을 보면서 즐거운 시간을 보낸다. 각자 어떤 물고기와 닮았는지 얘기하는데 시로코는 호시노가 물속에서 숨을 참고 있는 고래와 비슷하다는 이야기를 한다. 그리고 다음 날 아침, 시로코는 우연히 거리에서 호시노를 보고 의문을 갖게 되는데....

아비도스 자치구의 주인이 바뀌었다는 사실을 알고 조사를 한 결과, 자치구를 판 건 아비도스 학생회였다는 것과 카이저가 사막에서 뭔가를 계획하고 있다는 사실을 알게 된다. 절망에 빠진 대책위원회 아이들은 우선 사막을 살펴보기로 했고, 그곳에 카이저 PMC가 있다는 것을 확인하게 되는데...

호시노는 학교의 빚을 갚기 위해 카이저 PMC에 용병으로 간다는 편지만 두고 사라진다. 그리고 그때 카이저 코퍼레이션의 이사는 대병력을 이끌고 쳐들어온다. 호시노가 없는 상태에서 수많은 적을 눈앞에 둔 대책위원회 아이들은 절망에 빠지고, 그런 그들 앞에 흥신소 68이 나타나는데….

호시노를 찾기 위해 노력하는 선생님은 의문의 편지를 받고, 그 편지에 적힌 대로 간 곳에서 검은 양복을 만난다. 자신에게 협조하라는 검은 양복. 하지만 그의 요청을 단번에 거절한 선생님은 카이저 PMC 실험실에 갇힌 호시노를 구하고자 아이들과 함께 다른 학교에 협조 요청을 하러 다니는데....

호시노를 구출하러 간 대책위원회 멤버들. 카이저 코퍼레이션의 강력한 대항에 아이들은 위기에 처한다. 그리고 그때 그들을 구하기 위해 나타난 선도부, 게헨나, 흥신소 멤버들. 그들의 지원에 힘입어 아이들은 호시노가 있는 곳을 찾아내지만....